在军事戌防方面，明政府设置广东香山备倭参将直接管理澳门水陆防务。天启年间兵部题行稿载，该官管辖“陆则雍陌、塘基湾、澳门、前山等处。水则十字门、九洲潭、石龟潭、虎跳等处”。

此外，广东巡视海道史也负有“驭澳防矮”的重任，对“与奸徒私通，按济夷倭等，轻则量情惩治，重则参奏拿问”。还有广州海防参将，“统领水兵三千名”，担负

着“弹压香山、澳门等处夷船，并巡缉接济私通船只”之责任。

万历二年，在澳门与大陆相连的咽喉要道莲花茎的中央，修建关闸一座，派有把总一员率官兵把守。为加强澳门防务，万历年间，明政府将广州海防同知衙门设在距澳门仅有一日路程的雍陌，调兵千人成防并设参将。

天启元年又把参将官署移至莲花茎西面数里的前山寨，戍守官兵大大增加，这样水陆两栖都可以任意出入澳门。澳门成为明政府军事防务的一个特殊地区。

在司法、税收、军事上，大明说了算，这不是主权是什么？

新税制颁布，重在商税，而朝鲜、日本先后落在大明手里，葡萄牙人的贸易成本上升，滋生不满。

澳门现在已经是火药桶，作为徐光启的弟子，侯峒曾来澳门当知县，就是要稳住这个火药桶，给征日大军争取时间，也是徐光启一系的投名状。

只要颜思齐的水师到位，澳门就是开头菜。

侯峒曾刚刚上任，就要面对一个问题，葡萄牙人开始增修防御工事，是按律拆除，还是忍耐不管，不刺激这些人？

广东可以压死澳门，否则葡萄牙人不会乖巧至今。而

且人都是一样的，有了稳定的定居点，又有固定的贸易收入，就失去拼命闹事的勇气。

几代人下来，澳门不论汉夷，吃的满口流油，就算闹也是有底线的闹，又有几个敢向他们先辈那样做不文明的事情？

侯峒曾与何士晋有信心将葡萄牙人绑了送到矿山里，可皇帝的意思是绥靖，谁敢动手？

于是，侯峒曾二月初，独自一人就任澳门，开设衙门募集司吏，召集当地夷目，夷目是专设给澳门的小吏职称，即夷人头目的简称。由当地葡萄牙人市民议会选出的议长报备香山县，再由香山县任命，拿大明的俸禄。