日本不仅没有计划使用潜艇兵力去破坏盟国的海上交通线，也无计划使用这种兵力来保护本国的海上交通线。日军使用潜艇的一条基本战术原则是，全力以赴地配合舰队作战。另外，日本海军非常轻视美国潜艇的潜在威力，因而在南云机动部队袭击珍珠港时，竟未触动美军的潜艇基地。

二战初期的潜艇活动，美国的潜艇在实战中快速成长。

如前所述，日军几乎在袭击珍珠港的同时大举进攻盛产石油、橡胶、锰、铜和大米的荷属东印度、婆罗洲、苏拉威西岛、哈马黑拉岛、马来亚和法属印度支那等地。

由于二十世纪41年7月美国对日实行禁运，日本只好开始使用储备的645万吨石油。如果日本不能进占荷属东印度，早晚必将陷入石油危机。因此，必须做到以下三点：第一，夺取南洋资源地区的石油田；第二，依靠自身的力量进行适当的开发；第三，把产品运回本国。

当时，盟国在远东地区的兵力较弱，对日本前两个企图的实现束手无策，然而，盟国潜艇可以阻止其实现第三个企图。潜艇对日本往本国运送石油等战略物资的海上航运进行了袭击。

美国在太平洋战区原有两支潜艇兵力：一支是以甲米地（马尼拉湾内）为基地的亚洲舰队潜艇部队。另一支是以珍珠港为基地的太平洋舰队潜艇部队。当时，亚洲舰队的潜艇部队辖有s级潜艇6艘、大型潜艇23艘、潜艇供应舰3艘及救生船1艘。s级潜艇比较陈旧，吨位小，生活条件差，作战半径也不大。

这种潜艇没有艇名，只有番号。一旦有新艇编入战斗序列，这种潜艇就退出第一线，编入训练部队。以鱼类或其它海洋动物名称命名的大型潜艇具有良好的战斗性能。

二十世纪41年建造的“小鲨鱼”号潜艇就是这种类型的，水上排水量1500吨，长95米，作战半径1200海里，艇艏鱼雷发射管6个，艇尾鱼雷发射管4个，可携带鱼雷24条，甲板上装有80毫米火炮1门和机枪4挺。艇上有8名军官和80名士兵。这就是美军用来同日军作战的基本类型的潜艇。

一开战就投入战斗的美国潜艇的任务是支援菲律宾的抗登陆作战。这些潜艇奉命一边侦察日军的防潜警戒和反潜手段，一边把防线谨慎地向前推进。在吕宋岛周围建立起一道防线，配置若干潜艇，以监视和截击敌人。

在此期间，正在甲米地修理的“海狮”号潜艇，在日军的首次空袭中就被击毁。这是美国战时损失的52艘潜艇中的第一艘。当时，在亚洲海区，日军战斗舰艇的数量占压倒的优势。

因此，对盟军舰队来说，每艘战斗舰艇都是非常宝贵的。在“威尔土亲王”号和“反击”号被击沉后，远东盟军水面舰艇部队中最大的军舰就剩下一艘重巡洋舰了。

盟军的潜艇部队虽然进行了抗击，但是战果甚微。12月，美军有28艘潜艇对日军驶往菲律宾的登陆输送队先后进行31次袭击，发射66条鱼雷，仅仅击沉日本舰只2艘。

美潜艇部队的袭击活动很不顺利。美潜艇虽然占领了有利的鱼雷发射阵位，但是发射的鱼雷不是未命中目标，就是过早爆炸。这说明美国海军的鱼雷在设计方面存在严重缺陷，因而没有击毁日本的运输船只，未达到迟滞日军行动的目的。

12月21日，日军登陆部队为攻占马尼拉而在仁牙因湾登陆。当时，美潜艇因备品不足，没有一艘能够参加保卫仁牙因湾的战斗。日登陆部队在严密的警戒下，于仁牙因湾内巧妙地利用浅滩水域和暗礁等天然条件，阻止美潜艇对它进行袭扰。

只有s-38号潜艇大胆地突破其警戒线，击沉1艘即将进入锚地的运输船。“海豹。”号潜艇对一艘开往登陆地域的小型货船进行了鱼雷攻击。

由于日军对马尼拉附近基地的威胁日益增大，盟国海军部队主动撤离。约翰·威尔克斯海军上校指挥的亚洲舰队潜艇部队，首先撤至达尔文港，后来又转移到弗里曼特尔在澳大利亚西南海岸。只把“卡诺珀斯”号潜艇供应舰留在马尼拉湾，以保障潜艇继续作战。