第二日，一万七千名官兵，八十门各类火炮，三十七战船，由浙江巡抚、肃虏将军、武英伯朱斌亲自率领，浩浩荡荡向山东境内开拔。

谁想到，才走出不到两日，朝廷又来急报，命朱斌所引之军，于原地扎住营盘，不得朝廷命令，不得前行。

原来，不知出于什么考虑，崇祯帝居然下令以徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚，由此二人负责平叛。朱斌大惑不解，遂写信问计于杭州的黎风。

未几天，杭州方面送来黎风急信，上面写得非常简单：

“大人不赞成构筑大凌城，圣上一意赞成，终致大凌河之败。难道大人比圣上还要英明吗？大人自为官以来，屡立战功，朝廷又多树政敌，在此时候，焉能不眼谗言？大人尽管在原地驻扎，属下以为，官兵此去必不能胜，早晚要复启用大人。

为消圣上疑心，一旦朝廷再次命大人平叛，大人可不急着进军，当先问计于圣上，用何等方式行军平叛，如此，平叛之功不为大人所有，乃是当今圣上亲自指挥……”

朱斌苦笑着摇了摇头，将信件付之一炬。他只想为大明朝廷好好的做一些事，却哪里想到这中间弄得这么复杂，崇祯帝这人好是好，可就是有些疑心……

朱斌干脆安下心来，驻扎在浙江和山东的邻近地界，一边派人多加打探，掌握山东方面的信息，一边每日与诸将讨论兵法，静静等候着朝廷的再次调度。

前方不断传来的消息，显示出朝廷的平叛及其不顺。

徐从治、谢琏两位巡抚，与总兵杨御蕃分头固守城池，拼死抵抗叛军攻击，形势十分危急。而外围的各路援兵都驻扎在昌邑，由于山东巡抚徐从治被围在莱州城内，援军无人督察，诸将观望，谁也不肯拼死驰援莱州。

而兵部尚书熊明遇认为此事尚有招抚的余地，便派主事张国臣去山东处理招抚之事，并要求徐从治不要轻易出兵，破坏抚局。徐从治当然不干，先后三次上疏朝廷，力主抚局无望，应以武力解决。朝廷认为，两抚臣都被困在莱州，应增设总督来山东前线，决定抚战。

侍郎刘宇烈于是被任命为总督，赴山东统辖骑、步兵二万五千人，平定孔有德之乱。但刘总督本无筹略，赴山东后除整天派人去招抚外，不进行任何军事行动，以免动而取咎。

孔有德便故伎重演，说是要降，暗中却把孙元化铸造的大炮调到莱州城下，架起猛轰，打死了山东巡抚徐从治，莱州城危在旦夕。

其后在朝廷的军事压力下，孔有德突然又向登莱巡抚谢琏提出投降，并约定降期，请莱州城中的文武官员出城。已被困在城中六个月的登莱巡抚谢琏，在不得已之下，决定冒险，便与知府朱万年出城受降。

但当兵出身的总兵杨御蕃坚决不去，他深知这些叛兵的品性。叛兵见到谢琏等人，连跪带哭，态度诚恳，并拥之而去。谢琏刚被带走，叛兵随即攻城。他们把知府朱万年押到阵前，要他呼喊劝降。朱万年大声喊道：

“吾死矣。汝等宜固守！”

城上的杨御蕃一看形势危急，下令开炮，杀伤叛军不少。而那位朱知府也在自己人的炮火下丧生。杨御蕃的几炮，总算保住了莱州暂时不失。