三天后，科雷亚向广州官员回信，同意率军彻底退出澳门的要求，但却表示，耶稣会并不受葡萄牙王国的指挥，因此，他无法代表圣保禄教堂内的那些传教士做出决定。

广州官员收到科雷亚的回信后，并没有说些什么， 因为他们也了解一些欧洲的教会制度，知晓那些传教士只听耶稣会的命令。

又过了两天，十艘运输船停靠在澳门港口，科雷亚垂头丧气的回头看了一眼身后的建筑，无奈的摇了摇头，自1557年葡萄牙人获准居留澳门，距今已经过去了91年，接近一个世纪了，此次许多离开之人，超过半数都是在澳门出生的，哪知道，只有那些葡汉混血之人可以自行选择留下或离开，其余所有的纯种葡萄牙人、印度果阿雇佣军以及非洲奴隶兵全都被强行驱离，根本不管那些纯种的葡萄牙人是否是在澳门出生的。

很快，随着葡萄牙人在澳门的军事力量被尽数驱逐后，澳门剩下的唯一麻烦就是圣保禄教堂的那些耶稣会传教士。

面对此情况，广州官员立刻派人去向杨三生汇报，是强行把这些传教士驱赶走，还是留下让他们继续传教，在未收到如何处理这些传教士前，只是暂时派兵把整个圣保禄教堂围了起来，禁止教堂内的传教士出入。

几天后，杨三生的回信到了，搜查圣保禄教堂，若是教堂内没有任何违禁物品，则可以留下这些传教士，若是发现违禁品，即刻逮捕所有传教士。

收到杨三生的这则命令后，围困圣保禄教堂的士兵，直接推开那些阻拦他们的传教士，一个个如狼似虎的冲入了教堂内部，展开全面搜查。

没过多长时间，一群士卒便从教堂内部搜出了大量书籍以及被翻译成欧洲文字的抄录本。

军官则在看到这些书籍后，脸色凝重，沉声道：“立刻封锁圣保禄教堂，任何人不得进出！把那些传教士，全都给老子抓起来！严加拷问！”

“立刻派人把这些书籍送往南京！”

“遵命！”

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1649年，五月下旬，南京靖海侯府。