但是没过多久，刘兴祚在辽东半岛之上战死，因为没有找到尸体，陈继盛在给朝廷的奏报之上就报了个不知所踪，结果朝廷之上许多言官开始凭空猜测，说刘兴祚又叛逃回了建虏后金国，因此朝廷也就没有对刘兴祚的死进行封赏。

刘兴治与陈继盛为了争夺东江镇总兵的位置，本来就生出嫌隙，等到朝廷里的风言风语传到东江镇之后，他就对陈继盛和朝廷的处置更加不满了，于是一不做二不休，发动突袭，杀死了陈继盛以及陈继盛的一干心腹部将，东江镇随即陷入了大乱。

陈继盛被杀的消息传到朝廷之上以后，崇祯皇帝很快就任命了新的东江镇总兵，前往镇压东江镇的叛乱，而这个新的总兵就是黄龙。

崇祯二年冬，黄龙临危受命，带着部分心腹随从，很快就到了皮岛上任，到了皮岛之后，迅速收拢陈继盛麾下部众，联络了沈世奎、曲承恩等人，迅速稳定了皮岛的局势，但在招抚刘兴治的时候，被刘兴治以商议受抚为名骗入营中，结果落到了刘兴治的手中。

刘兴治想当东江镇的总兵而当不上，所以对意图收掉其兵权的新任总兵黄龙非常敌视，各种酷刑虐待，甚至将黄龙的鼻子、耳朵全数割掉，送给沈世奎、曲承恩等人作为警告。

按理说，别说一个总兵官了，就是一个普通人，敌人将你的鼻子耳朵都割下了，你肯定是要跟这个敌人拼命的，但是黄龙没有，他先是服软了，答应代为上奏朝廷，请刘兴治出任总兵，刘兴治虽然继续扣着他不放，但却没有杀他。

然而没过多久，黄龙居然说动刘兴治的一个麾下投靠了自己，然后逃出了刘氏兄弟控制着的广鹿岛，回到皮岛之后，迅速召集起了一支军队，回过头来攻上了，将刘兴治及其麾下心腹抓住处死，从平了东江镇之乱。

不过经此大乱之后，东江镇的力量大为削弱，不但失去了对后金的牵制作用，同时也彻底失去了朝廷的信任，粮草军资补给什么的也是一再减少。

到了崇祯四年的时候，孔有德、耿仲明、李九成在登州发动叛乱，失败以后带着大量部众、辎重、人口渡海逃往后金。

黄龙在这个时候再次发挥了重要的作用，在旅顺外海拦截这几人的庞大船队，一番激战之下，将登莱之乱的罪魁祸首李九成以及他的儿子，以及孔有德和耿仲明的家人，几乎全数抓获斩首，同时也将孔有德、耿仲明裹挟渡海的大量登莱百姓解救了出来。

然而遗憾的是，黄龙虽然意志坚强、忠心耿耿，但是当时东江镇的力量已经非常羸弱了，虽然拼死阻击，但最终还是没有把孔有德、耿仲明拦下两个人的船队全数拦下，结果，让这两个人带着登莱的大量火器部队和铸炮工匠技师逃到了后金的那一边，而黄龙本人也在这一次大海战之中战死。